Dans Scramble 64, le joueur contrôle un avion, appelé dans le jeu "Jet", et doit le guider à travers un terrain changeant, en combattant les obstacles sur le chemin.

Le vaisseau est équipé d'une arme de tir avant et de bombes ; chaque arme a son propre bouton.

Le joueur doit éviter les collisions avec le terrain et les autres ennemis, tout en conservant sa réserve limitée de carburant qui diminue avec le temps. Il est possible d'obtenir plus de carburant en détruisant des réservoirs dans le jeu.