Dans Scramble 64, le joueur contrôle un avion, appelé dans le jeu "Jet", et doit le guider à travers un terrain changeant, en combattant les obstacles sur le chemin.

La nave está equipada con un arma que dispara hacia adelante y bombas; cada arma tiene su propio botón.

Le joueur doit éviter les collisions avec le terrain et les autres ennemis, tout en conservant sa réserve limitée de carburant qui diminue avec le temps. Il est possible d'obtenir plus de carburant en détruisant des réservoirs dans le jeu.